Værftet ejes og drives af Foreningen Lillebæltværftet som et aktivt museumsværft og som et formidlingscenter for lokale bådebygningstraditioner og kystkultur.​

Som led i at bevarelsen af det historiske Middelfart Skibs- og Bådebyggeri som en levende arbejdsplads har foreningen bortlejet retten til at drive bådebyggeri på værftet til Chris Domino Larsen, som siden 2012 driver virksomheden Middelfart Skibs- og Bådebyggeri fra en af værftets haller og den tilhørende bedding. 

Som foreningsdrevet værft bæres Lillebæltværftet oppe af dets godt 200 medlemmer, som foruden at arbejde med de tilhørende træbåde og joller tager vare på de mange bygninger og omgivelserne.

I vinterhalvåret er der i den centrale værftshal travlhed med vedligehold og renovering af de tilknyttede træbåde og joller, ligesom medlemmerne kan leje sig ind med egne både og projekter. 

Til værftet er knyttet støtteforeningen Lillebæltværftets Venneforening. I sommerhalvåret når værftshallen er tømt for både, arrangerer Venneforeningen med dens ligeledes ca. 200 medlemmer et bredt udbud af kulturelle aktiviteter og events i de smukke og stemningsfulde omgivelser. Den indtjening, der skabes, bidrager centralt til det økonomiske fundament for værftet.